La causa esatta della sua morte è sconosciuta, ma si ritiene che sia stato un infarto A causa delle difficili condizioni che stava sopportando. Fu trovato morto vicino alla sua tenda e il suo corpo fu sepolto sotto una cumulo di neve.
È importante notare che la teoria della deriva continentale di Wegener, che ha proposto nel 1912, non è stata ampiamente accettata durante la sua vita. Morì uno scienziato relativamente sconosciuto, ma la sua teoria rivoluzionaria fu infine dimostrata corretta, e ora è considerato una delle figure più importanti della storia della geologia.