Libri :
- Fare storia:un manuale di ricerca storica (2001)
- Una breve storia del pensiero cattolico (2002)
- Protestantesimo:una brevissima introduzione (2006)
- Come leggere i Padri della Chiesa (2010)
- L'essenza del cristianesimo (2012)
- Filosofia:una breve storia (2014)
- La visione cristiana della natura umana (2016)
- La filosofia della religione:un libro di testo (2017)
- The Oxford Handbook of Early Christian Studies (2019, curato con Hugh Denard)
- Lo spirito della Riforma (2021)
Articoli e contributi :
- "Il ruolo della Chiesa nell'umanesimo cristiano" in The Cambridge Companion to Christian Humanism (2009)
- "Il pensiero cattolico e il mondo moderno" in The Wiley-Blackwell Companion to Catholicism (2010)
- "Lo sviluppo del diritto naturale nel pensiero cristiano" in The Oxford Handbook of Natural Law (2011)
- "Tommaso d'Aquino su fede e ragione" in The Stanford Encyclopedia of Philosophy (2014)
- "L'eredità degli scolastici" in The Routledge Companion to the History of Philosophy (2015)
Oltre ai suoi libri, Troeger ha contribuito con articoli e capitoli a varie riviste accademiche e curato volumi, esplorando la storia del cristianesimo, temi teologici e l'intersezione tra filosofia e religione.