1. Cavaliere Commendatore dell'Ordine della Corona d'Italia :Nel 1889, il Re Umberto I d'Italia insignì Flagler del titolo di Cavaliere Commendatore dell'Ordine della Corona d'Italia. Questo prestigioso premio gli è stato conferito in riconoscimento del suo contributo allo sviluppo del turismo in Florida.
2. La Legione d'Onore :Nel 1904, Flagler ricevette la Legion d'Onore, che è la più alta decorazione conferita dal governo francese. Questo onore è stato conferito a Flagler per i suoi successi nel settore alberghiero e per il suo contributo allo sviluppo della Costa Azzurra.
3. Medaglia Roosevelt :Nel 1915 Flagler ricevette la Medaglia Roosevelt dalla National Civic Federation, una prestigiosa organizzazione dedita alla promozione della riforma sociale ed economica. La medaglia è stata assegnata in riconoscimento della visione, della leadership e della filantropia di Flagler.
4. Lauree honoris causa :Flagler è stato anche riconosciuto da diverse istituzioni educative per i suoi successi. Ha ricevuto lauree honoris causa dalla Stetson University, dal Rollins College e dall'Università della Florida, tra gli altri. Questi diplomi hanno riconosciuto il suo contributo all'istruzione e il suo impegno per il progresso della conoscenza.
5. Onori civici e comunitari :Oltre a questi premi formali, Flagler è stato anche onorato da varie organizzazioni civiche e comunitarie nel corso della sua vita. Ha ricevuto numerose targhe, certificati e risoluzioni che riconoscono il suo contributo alla crescita e allo sviluppo di varie regioni della Florida.
Questi premi e riconoscimenti riflettono l'alta stima di cui Flagler fu tenuto durante la sua vita. Era ampiamente riconosciuto per il suo spirito visionario, la sua dedizione alla costruzione dell'industria del turismo della Florida e i suoi sforzi filantropici che hanno lasciato un impatto duraturo sullo stato.