Film:
* Cuore coraggioso (1995) - come "Morris"
* I santi di Boondock (1999) - come "Murphy MacManus"
* Snatch (2000) - come "Brick Top"
* Il Gladiatore (2000) - come "Cicerone"
* The Boondock Saints II:Ognissanti (2009) - come "Murphy MacManus"
* Smokin' Aces (2006) - come "Dario"
* L'ultima resistenza (2013) - come "Burnett"
* Guardiani della Galassia (2014) - come "Fin Fang Foom" (voce)
* Figli dell'anarchia (2014) - come "Filip "Chibs" Telford" (accreditato come "Tommy Flanagan")
* Uomo ghiacciato (2014) - come "Il Professore"
* L'ultimo volto (2016) - come "Jack"
* Il grande Lebowski (1998) - come "Ultraman" (non accreditato)
* La giacca (2005) - come "Don" (non accreditato)
* I tre moschettieri (2011) - come "Rochefort" (non accreditato)
Televisione:
* Figli dell'anarchia (2008-2014) - nel ruolo di "Filip "Chibs" Telford"
* Lo Scudo (2004-2008) - come "Tommy"
* Gli americani (2013) - come "Arkady Ivanov"
* Dei americani (2017-2021) - come "Il ragazzo tecnico"
*Maya M.C. (2018-presente) - nel ruolo di "Filip "Chibs" Telford"
* Westworld (2016-oggi) - nel ruolo di "Martin Connells"
* La Distesa (2015-2022) - come "Camina Batterista"
* "Ai confini della realtà" (2019) - come "L'Uomo"
* "Lo strigo" (2023) - come "Martino"
Questo non è un elenco esaustivo, ma include alcuni dei suoi ruoli più importanti. Ha avuto anche ruoli in altri programmi TV e film, sia importanti che indipendenti.
Tommy Flanagan è un attore rispettato noto per la sua presenza forte e spesso minacciosa sullo schermo.