Televisione:
* Uomini che si comportano male (1992-1998): Questa sitcom ha lanciato Clunes verso il successo mainstream, interpretando l'affascinante e sfortunato Gary.
* Doc Martin (2004-oggi): Forse il ruolo più iconico di Clunes, quello del burbero ma adorabile dottore nella città di Portwenn, nella Cornovaglia.
* Reggie Perrin (2007-2009): Un remake della classica sitcom britannica "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* La grande fuga (2003): Una miniserie in due parti in cui Clunes ha interpretato Roger Bushell.
* Jonathan Creek (2000-2016): Apparso in diversi episodi di questa serie misteriosa nei panni del migliore amico del personaggio titolare, il marito di Maddy.
* Il comandante (1998-2000): Ha interpretato il ruolo principale del comandante Jack Harper, un ufficiale della Royal Naval.
* Guglielmo e Maria (2003-2010): Apparso come un personaggio ricorrente, il cognato del personaggio titolare.
* Il Palazzo (2008): Ha interpretato il ruolo di un membro della famiglia reale in questa serie comica satirica.
* Caccia all'uomo (2019): Ha interpretato il DCI Colin Sutton in questa serie di veri crimini sulla cattura di Levi Bellfield.
* Il naso della regina (2001): Ha doppiato il personaggio del cane parlante, "Queen's Nose", in questa serie per bambini.
Film:
* Battito cardiaco (1992): Clunes ha recitato nella versione cinematografica della popolare serie ITV.
* I Laghi (2000): Un thriller romantico in cui Clunes interpreta un uomo ossessionato da una donna.
* La macchina del tempo (2002): Ha interpretato il ruolo di Alexander Hartdegen, uno scienziato che viaggia nel futuro.
* L'ultimo detective (2003): Un thriller poliziesco basato su una serie di romanzi dell'autore Michael Connelly.
* Tre e fuori (2011): Una commedia cupa in cui Clunes interpreta un calciatore anziano.
* La leggenda di Barney Thomson (2015): Una commedia nera in cui Clunes interpreta un barbiere che diventa accidentalmente un serial killer.
* SuperBob (2015): Ha interpretato un uomo mite costretto a diventare un supereroe.
Questo non è un elenco esaustivo, ma include alcuni dei suoi progetti più importanti e conosciuti.